总是口腔溃疡可能由多种原因引起，其中免疫力低下是常见因素之一，据统计，约有30% - 40%的口腔溃疡患者存在免疫力方面的问题。此外，维生素和微量元素缺乏也较为常见，比如缺乏维生素B₂、维生素B₁₂以及铁、锌等微量元素时，就容易引发口腔溃疡。还有遗传因素，如果家族中有口腔溃疡反复发作的病史，那么个体患病的几率也会相对较高。
免疫力因素相关
自身免疫紊乱： 当人体自身免疫系统出现紊乱时，免疫系统可能会错误地攻击口腔黏膜，从而导致口腔溃疡的频繁发生。例如，一些自身免疫性疾病患者，口腔溃疡的发病概率就比正常人高很多。长期疲劳： 长期处于疲劳状态会使身体免疫力下降，进而增加口腔溃疡的发生风险。比如连续熬夜加班后，很多人就容易出现口腔溃疡。一般来说，连续熬夜超过3天，口腔溃疡的发生率会明显上升。
维生素与微量元素缺乏相关
维生素B₂缺乏： 维生素B₂参与体内许多代谢过程，缺乏时会影响黏膜的正常代谢，导致口腔黏膜易受损引发溃疡。正常成年人每天需要摄入约1.2 - 1.5毫克的维生素B₂，而一些偏食、挑食的人就容易缺乏。锌元素缺乏： 锌是人体多种酶的组成成分，对维持黏膜的完整性很重要。当体内锌含量不足时，会影响细胞的正常分裂和修复，容易引发口腔溃疡。一般人体每天需要摄入锌约10 - 15毫克，素食者等人群相对更易缺锌。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 如果父母双方或一方经常反复出现口腔溃疡，那么子女患口腔溃疡的可能性会比普通人群高出2 - 3倍。研究发现，遗传因素在口腔溃疡的发病中起到约20% - 30%的作用。例如，父母都有频繁口腔溃疡病史的家庭，子女从小就可能更易受到口腔溃疡的困扰。基因易感性： 某些特定基因的存在会使个体对口腔溃疡的易感性增加。目前已经发现一些与口腔溃疡相关的基因位点，携带这些基因位点的人相对更容易出现口腔溃疡反复发作的情况。