藿香正气水有多种功效，它常用于缓解多种因外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的不适。
缓解胃肠不适
治疗胃肠型感冒：当因外感风寒、内伤湿滞出现头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻等胃肠型感冒症状时，藿香正气水有一定作用。它能调节胃肠功能，改善不适。缓解中暑不适：在夏季高温环境下，人若受暑湿之邪，出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等中暑引起的胃肠不适，藿香正气水可发挥作用，帮助舒缓症状。
改善风寒感冒症状
缓解风寒感冒初期症状：对于外感风寒，内伤湿滞导致的恶寒发热、头痛身重等风寒感冒初期症状，藿香正气水有解表化湿的功效，能在一定程度上减轻感冒带来的身体不适。比如有些人受了凉，出现怕冷、头痛，伴有胃肠不适，喝藿香正气水可能会有改善。
抑菌抗炎作用
对肠道细菌的作用：研究发现，藿香正气水对多种肠道致病菌有抑制作用，像大肠杆菌等。它可以通过抑制细菌的生长繁殖，帮助减轻肠道炎症反应，对于因肠道细菌感染引起的相关不适有一定的缓解作用。对皮肤真菌的影响：它对白色念珠菌等皮肤真菌也有一定的抑制效果，不过一般多用于内服缓解身体内部不适，若用于皮肤真菌相关问题，通常也是配合其他外用措施，但内服时对身体内部因相关病菌引起的问题有一定调节作用。