扁桃体结石目前并没有完全根治的方法，但可以通过一些方式来处理和减少其发生。一般来说，对于较小且无症状的扁桃体结石可以先观察，而对于较大或反复引起不适的结石则需要采取相应措施。
日常口腔清洁预防
正确刷牙： 每天至少早晚各刷一次牙，选择软毛牙刷，采用巴氏刷牙法，每次刷牙时间不少于3分钟，这样能有效清除口腔内的食物残渣等，降低扁桃体结石形成的概率。比如每次刷牙严格按照正确方法，能让牙齿和口腔缝隙的污垢更好地被清理。使用漱口水： 可以使用含氯己定等成分的漱口水，每天漱口1 - 2次。不过要注意，儿童不建议随意使用含酒精等刺激性成分的漱口水，应选择儿童专用温和型漱口水。像一些温和的抗菌漱口水，能在一定程度上抑制口腔内细菌滋生，减少扁桃体结石发生风险。
医疗手段处理
医生手动取出： 当扁桃体结石较大、较多且引起咽部异物感、疼痛等不适时，医生会在局部麻醉下用镊子等工具将结石直接取出。一般这个过程相对简单，在诊所或医院耳鼻喉科就能进行，但术后要注意口腔卫生护理。激光消融术： 对于反复出现扁桃体结石且药物等治疗效果不佳的情况，可考虑激光消融术。通过激光的能量破坏扁桃体隐窝内的上皮和腺体，减少结石形成的空间。不过术后可能会有短期的咽部不适等情况，需要按照医生要求进行护理。
手术治疗情况
扁桃体切除术： 如果扁桃体结石非常严重，频繁发作，严重影响生活质量，经过多种保守治疗无效时，可能会考虑行扁桃体切除术。但这是最后的选择，因为扁桃体是人体的免疫器官之一，切除后可能会对局部免疫功能有一定影响。一般是在18岁以上，扁桃体反复发炎且结石问题严重影响生活的情况下才会考虑手术，而且术前术后都需要遵循医生的各项嘱咐，比如术前要完善相关检查，术后要注意饮食逐渐过渡，从流食慢慢恢复到正常饮食等。