月经干净后隔两天又来，可能是以下原因：
1.排卵期出血：如果出血量较少，且持续时间较短，可能是排卵期出血。这是由于排卵后雌激素水平下降，引起子宫内膜脱落而导致的出血。通常无需特殊处理，但需要注意个人卫生。
2.内分泌失调：如果长期的精神压抑、生闷气或遭受重大精神刺激和心理创伤，都可能导致月经失调或痛经、闭经。此外，作息时间不规律、熬夜、过度劳累等也可能导致内分泌失调，从而出现月经不规律的情况。
3.妇科疾病：一些妇科疾病，如子宫肌瘤、子宫内膜息肉、子宫内膜异位症等，也可能导致月经不规律。如果出血量较多、持续时间较长或伴有其他不适症状，建议及时就医。
4.药物因素：服用某些药物，如避孕药、孕激素等，可能会导致月经不规律。如果正在服用这些药物，建议咨询医生是否需要调整用药。
5.节育环：如果节育环放置位置不当或节育环大小不合适，可能会刺激子宫内膜，导致出血。
如果出现月经干净后隔两天又来的情况，建议及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。此外，需要注意个人卫生，保持外阴清洁，避免过度劳累和剧烈运动，同时注意饮食清淡，避免食用辛辣、刺激性食物。