胃肠消化不良的常见症状包括腹胀，约有30% - 50%的消化不良患者会出现腹胀，尤其是在进食后更为明显。还可能有早饱，即进食少量食物就感觉饱胀，不能继续进食。另外，腹痛也是常见症状之一，疼痛程度不一，可为隐痛、胀痛等。
消化系统相关症状
恶心呕吐：部分消化不良患者会出现恶心，严重时可能伴随呕吐，呕吐物多为胃内未消化的食物。比如有些患者吃了一顿饭后，过一段时间就会感觉恶心，偶尔会吐出吃进去不久的食物。食欲不振：患者对食物的欲望降低，不想进食，即使面对平时喜欢的食物也提不起兴趣。长期食欲不振可能导致营养摄入不足，影响身体健康。
全身相关症状
体重变化：如果消化不良长期存在，可能会影响体重。有些患者会出现体重下降，因为食物不能被充分消化吸收，身体得不到足够的营养供应；但也有少数患者可能因为胃肠功能紊乱导致体重短期内增加，但这种情况相对较少见。疲劳乏力：由于消化功能不好，身体得不到充足的能量供应，患者会经常感觉疲劳，没有力气，影响日常生活和工作状态。
其他相关表现
嗳气：患者会不自觉地频繁嗳气，感觉胃里有气体向上涌出，通过嗳气排出气体后可能会感觉稍微舒服一些。反酸：胃酸反流至食管，引起烧心、反酸的感觉，有些患者会感觉到口腔中有酸味，尤其是在平卧或弯腰时更容易出现反酸现象。