儿童扁桃体切除可能带来一些危害，比如术后出血风险，一般发生率约为1%~5%，尤其是术后1~2天内较易出现。
免疫功能影响
局部免疫功能受影响： 扁桃体是人体免疫系统的一部分，儿童时期扁桃体参与细胞免疫和体液免疫，能抵御病菌入侵。切除后，局部的免疫功能会有一定程度的降低，使得儿童在面对一些呼吸道病菌时，身体的第一道免疫防线有所削弱。不过，这种影响并非绝对，因为人体还有其他免疫器官可以起到一定的代偿作用。全身免疫可能受波及： 有研究发现，儿童扁桃体切除后，短期内可能会对全身免疫产生一定影响，比如免疫球蛋白的水平可能会有短暂波动，但通常会在一段时间后逐渐恢复平衡。
术后感染风险
创面感染： 扁桃体切除后会有创面，如果术后护理不当，比如口腔卫生不佳等，就容易导致创面感染。创面感染可能会出现发热、局部疼痛加剧、创面有脓性分泌物等症状，严重时还可能需要再次就医进行抗感染治疗。一般来说，术后通过保持口腔清洁、按照医嘱使用漱口液等措施可以降低感染风险，但仍有一定发生几率。呼吸道感染： 由于局部免疫功能的变化，儿童在扁桃体切除后相对更容易发生呼吸道感染，尤其是在季节交替、气温变化较大的时候，出现感冒、支气管炎等呼吸道疾病的概率可能会比未切除扁桃体的儿童高一些。
言语功能影响
短期发音异常： 儿童扁桃体切除术后，短期内可能会出现发音异常的情况。这是因为手术区域在咽部，术后疼痛等因素可能会影响儿童的发音动作，导致发音含糊不清等问题。不过，这种情况通常会随着术后创面的愈合和儿童身体的恢复逐渐改善，一般在术后1~2周左右会有明显好转。长期言语发育影响： 对于年龄较小的儿童，尤其是还处于言语发育关键期的幼儿，如果扁桃体切除后出现长期的言语功能问题，可能会对其言语发育产生一定影响。但如果术后恢复良好，这种影响一般是可以避免的，关键在于术后要及时关注儿童的言语情况，必要时进行适当的言语康复训练。