甲亢会引起多种其他疾病。据临床统计，约有5% - 10%的甲亢患者会合并浸润性突眼，这种情况会导致患者眼部有异物感、怕光、流泪、视力下降等。
心血管系统疾病
心律失常：甲亢时甲状腺激素过多会影响心脏的电活动，约有10% - 20%的甲亢患者会出现心律失常，常见的有心房颤动等。长期的心律失常可能会影响心脏的正常功能，增加心力衰竭的风险。心力衰竭：严重的甲亢患者，由于长期高代谢状态加重心脏负担，约有5%左右的患者可能发展为心力衰竭。甲状腺激素过多会使心脏收缩力增强、心率加快，久而久之心脏结构和功能会发生改变，引发心力衰竭。
骨骼系统疾病
骨质疏松：甲亢会影响钙的代谢，大约30% - 50%的甲亢患者存在不同程度的骨质疏松。甲状腺激素过多会加速骨的吸收，使骨密度降低，患者可能会出现腰背疼痛、身高变矮等症状，甚至容易发生骨折。尤其是绝经后的女性甲亢患者，骨质疏松的风险更高。
内分泌系统其他疾病
糖尿病：约有0.5% - 2%的甲亢患者会合并糖尿病。甲亢时过多的甲状腺激素会拮抗胰岛素的作用，使血糖升高。同时，甲亢患者代谢加快，对葡萄糖的需求增加，也可能诱发或加重糖尿病。性腺功能紊乱：在女性甲亢患者中，约有20% - 30%会出现月经紊乱，表现为月经量减少、周期延长甚至闭经。男性甲亢患者可能会出现性欲减退、阳痿等性腺功能紊乱的情况。