用复方甲硝唑泡腾片可能会有副作用。一般来说，部分患者使用后可能出现局部刺激症状，如阴道有烧灼感等。
局部反应方面
阴道局部刺激：少数人使用复方甲硝唑泡腾片后，会感觉阴道有轻微的灼热感，通常症状比较轻微，多数人可以耐受。过敏反应：极个别人可能对复方甲硝唑泡腾片中的成分过敏，会出现阴道瘙痒加剧、局部红肿等情况，如果出现这些过敏表现，应立即停药并清洗阴道，必要时就医。
全身可能出现的情况
胃肠道反应：个别患者口服后可能出现胃肠道不适，比如恶心、食欲减退等，但因为复方甲硝唑泡腾片是局部用药，经阴道黏膜吸收，全身吸收相对较少，所以全身胃肠道反应发生概率较低。神经系统影响：很少见，个别患者可能出现头晕等神经系统症状，但一般程度较轻，停药后多可缓解。
特殊人群需注意
孕妇及哺乳期女性：孕妇禁用复方甲硝唑泡腾片，因为目前缺乏足够的孕妇使用该药物的安全性研究；哺乳期女性使用时也需谨慎，药物可能会通过乳汁被婴儿吸收，如有需要应在医生指导下权衡利弊后使用。过敏体质者：本身是过敏体质的人使用复方甲硝唑泡腾片时更要格外小心，因为过敏体质者发生过敏反应的风险相对更高，使用前最好先咨询医生，必要时进行过敏测试。