灰指甲可以通过外用药物、口服药物以及手术等方法来去除。一般来说，外用药物治疗疗程较长，可能需要数月；口服抗真菌药物相对见效快些，但要注意药物的副作用等情况。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 每周使用1 - 2次即可。它能在甲板表面形成药膜，抑制真菌生长。使用时要先清洁病甲，然后均匀涂抹在病甲上。不过，对于比较严重的灰指甲，单独使用外用搽剂效果可能有限。环吡酮胺乳膏： 每天涂抹病甲周围皮肤及病甲上。它可以渗透进甲板，发挥抗真菌作用。但涂抹时要注意范围，避免接触到正常皮肤，使用过程中如果出现局部皮肤红肿、瘙痒等过敏反应要及时停药。
口服药物治疗
伊曲康唑： 采用冲击疗法，即服用一周，停药三周为一个疗程。它是脂溶性药物，需要餐后立即服用，以促进吸收。不过，有肝脏疾病的患者要慎用，因为它需要经过肝脏代谢。特比萘芬： 一般每天口服一次。它可以抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥杀菌作用。但同样，肝功能不全者要谨慎使用，在用药过程中要定期检查肝功能。
手术治疗
拔甲术： 对于单发的灰指甲，可以考虑拔甲。但拔甲后新长出的指甲有可能再次被感染，而且拔甲过程会有一定的疼痛，术后要注意保持创面清洁，防止感染。一般拔甲后需要配合外用或口服抗真菌药物来巩固治疗。不过，拔甲术创伤相对较大，现在应用相对减少，更多用于病情严重且其他治疗效果不佳的情况。