根尖囊肿主要通过手术治疗，一般需要在局部麻醉下进行手术切除，完整摘除囊肿是关键，通常手术时间根据囊肿大小等因素有所不同，简单的可能30分钟左右能完成。
手术治疗方式
开窗减压术： 对于较大的根尖囊肿，有时会先采用开窗减压术。通过在囊肿上开窗，让囊液引流出来，使囊肿缩小，为后续手术创造条件。一般开窗后需要定期更换引流物等进行维护。囊肿刮治术： 这是较为常用的手术方式，彻底刮除囊肿组织，同时要处理感染的根尖。手术中要注意完整去除囊肿，避免残留导致复发。术后需要注意口腔卫生，促进创口愈合。
术后注意事项
口腔卫生维护： 术后要保持口腔清洁，每天至少刷牙2次，每次刷牙时间不少于3分钟，还可以使用漱口水辅助清洁，比如术后1 - 2天就可以开始用温和的漱口水漱口，但要注意选择不含酒精等刺激成分的漱口水。饮食调整： 术后短期内饮食要清淡，避免吃辛辣、过硬、过烫的食物。可以多吃一些流食或半流食，如粥、软面条等，大约1 - 2周内都要注意饮食的软烂程度，这样有利于创口恢复，一般1 - 2周后可逐渐过渡到正常饮食，但仍要避免刺激性食物。
术前准备要点
口腔检查： 术前需要进行全面的口腔检查，包括拍摄X线片等，明确囊肿的大小、位置以及与周围组织的关系。一般术前3天左右就要开始关注口腔卫生情况，确保口腔处于相对清洁的状态。身体状况评估： 医生会评估患者的全身身体状况，比如是否有基础疾病等。如果患者有高血压、糖尿病等基础疾病，需要将病情控制在相对稳定的状态才能进行手术，例如高血压患者血压需控制在160/100mmHg以下等情况适合手术。