怀孕45天小腹隐隐作痛，可能由胃肠炎、先兆流产、异位妊娠等原因引起。
一、胃肠炎：怀孕45天的时候，如果不小心进食了不洁净的食物，就可能引发胃肠炎。此时女性会出现小腹隐隐作痛的现象，同时还可能伴有不同程度的腹泻。比如可能会出现持续性或间歇性的腹痛，腹泻的次数可能较多，大便性状也会有所改变。
二、先兆流产：当怀孕45天时，若体内孕激素水平较低，致使子宫内膜厚度偏薄，就可能导致先兆流产。这样一来，女性就会有小腹隐隐作痛的症状，并且往往还伴有阴道出血。可能会先出现少量的褐色或暗红色分泌物，随后出血可能会逐渐增多。
三、异位妊娠：指的是受精卵种植在子宫内膜以外的部位，如卵巢、输卵管等。一旦发生异位妊娠，随着妊娠组织逐渐生长，会对局部的卵巢或输卵管产生刺激，从而导致小腹隐隐作痛，严重时甚至可能导致阴道大出血或流产。比如可能会突然出现一侧下腹剧痛，疼痛程度可能较为剧烈。
怀孕45天出现小腹隐隐作痛的情况，一定要高度重视，应尽快到医院进行检查，并及时采取相应的治疗措施。