卵巢囊肿是否影响怀孕，取决于囊肿的性质、大小等因素。一般来说，直径小于5厘米的生理性囊肿，通常不影响怀孕，而直径较大的病理性囊肿，约30%可能会影响怀孕。
生理性囊肿对怀孕的影响
黄体囊肿： 女性排卵后形成黄体，有时会形成黄体囊肿，一般直径多在2-3厘米，通常月经干净后可自行消失，这种情况下对怀孕影响较小，多数不影响受孕过程。滤泡囊肿： 是卵泡发育过程中出现异常形成的囊肿，多数较小，一般不超过5厘米，大部分会在下次月经后消退，对怀孕的影响不大，一般不影响正常受孕。
病理性囊肿对怀孕的影响
巧克力囊肿： 这是子宫内膜异位到卵巢形成的囊肿，约有30%-50%的患者会出现不孕。因为它会影响卵巢的正常排卵功能，还会干扰输卵管与卵巢的关系，影响受精卵的运输等。浆液性囊腺瘤或黏液性囊腺瘤： 一般囊肿较小时可能对怀孕影响不大，但如果囊肿逐渐增大，直径超过5厘米甚至更大时，可能会占据卵巢空间，影响卵巢正常的内分泌和排卵功能，还可能压迫输卵管，影响卵子与精子的结合以及受精卵的运输，从而影响怀孕，较大的这类囊肿约有20%-30%会导致不孕。卵巢畸胎瘤： 中等大小的畸胎瘤可能会妨碍排卵，影响卵巢的正常结构和功能，从而影响怀孕，大约有15%-25%的患者因为卵巢畸胎瘤影响怀孕。如果畸胎瘤过大，还可能引起卵巢扭转等急腹症，需要手术治疗，术后也可能对怀孕有一定影响。
囊肿相关的其他影响因素
囊肿生长速度： 如果囊肿在短时间内迅速增大，不管是生理性还是病理性，都可能会对卵巢功能和周围组织产生不良影响，进而影响怀孕。例如，一个原本较小的囊肿在几个月内迅速增大到5厘米以上，那就需要警惕对怀孕的影响，可能需要进一步处理。囊肿的位置： 囊肿如果长在特殊位置，比如靠近输卵管开口处，可能会直接影响卵子进入输卵管，从而影响受孕。比如囊肿刚好长在卵巢与输卵管连接的部位，就可能阻碍卵子从卵巢进入输卵管与精子结合。