性功能障碍的药物治疗需根据具体类型选择，常见的有5型磷酸二酯酶抑制剂，如西地那非，一般服用后30~60分钟起效，能帮助改善阴茎勃起功能，但它有一些禁忌人群，比如正在服用硝酸酯类药物的患者就不能用，否则可能引起严重低血压。
5型磷酸二酯酶抑制剂类药物
他达拉非：属于这类药物，其药效持续时间较长，可达36小时左右，服用后不受进食影响，相对比较方便。不过，有心血管疾病的患者使用时要谨慎，需先评估心脏状况。伐地那非：也是5型磷酸二酯酶抑制剂，起效时间较快，大约在25~60分钟，药物效果会受到高脂肪饮食的影响，所以建议在空腹或低脂饮食后服用。
雄激素类药物
十一酸睾酮胶丸：适用于雄激素缺乏引起的性功能障碍。一般来说，男性体内雄激素水平会随年龄增长而下降，对于因雄激素缺乏导致性欲减退、勃起功能障碍等情况的患者可考虑使用，但前列腺癌患者以及可疑前列腺癌的患者禁用。
中药类药物
复方玄驹胶囊：由玄驹、淫羊藿、枸杞子、蛇床子等中药组成，具有温肾、壮阳、益精的作用，可用于肾阳虚引起的性功能障碍，比如腰膝酸软、神疲乏力、性欲低下等症状。不过，少数患者服用后可能会出现恶心、胃胀、胃脘灼热感等不适，此时需咨询医生调整用药。麒麟丸：由制何首乌、墨早莲、淫羊藿、菟丝子等多种中药组成，有补肾填精、益气养血的功效，适用于肾虚精亏、血气不足所致的性功能障碍，像阳痿早泄、精液清稀等情况都可以考虑，但感冒发热者暂时不宜服用。