肌肉酸痛的原因有多种。一般来说，运动过度是常见原因之一，比如突然进行大量剧烈运动，像连续跑了5公里以上，身体会产生乳酸等代谢产物堆积，就容易导致肌肉酸痛，这种情况在刚开始运动的人群中较为常见。
运动相关因素导致的肌肉酸痛
运动强度过大： 当进行超出身体适应范围的高强度运动时，肌肉纤维会受到微小损伤，同时身体代谢产生的乳酸等物质不能及时被代谢掉，就会引发肌肉酸痛。例如进行一次高强度的力量训练后，可能2 - 3天内都会感觉肌肉酸痛。运动方式不当： 如果运动时姿势不正确，会使某些肌肉过度用力，也容易造成肌肉酸痛。比如跑步时脚步落地姿势不对，会加重小腿肌肉的负担，引发酸痛。
疾病因素导致的肌肉酸痛
感染性疾病： 像流感等病毒感染性疾病，除了有发热、咳嗽等症状外，也可能伴随全身肌肉酸痛，一般体温恢复正常后，肌肉酸痛的症状也会逐渐缓解。风湿性疾病： 类风湿关节炎患者会出现关节周围肌肉酸痛，同时还伴有关节肿胀、疼痛、僵硬等症状，病情活动期时肌肉酸痛可能会比较明显。
其他因素导致的肌肉酸痛
药物副作用： 某些药物服用后可能会有肌肉酸痛的副作用，比如他汀类降脂药，有少部分人服用后会出现肌肉酸痛的情况，但一般在停药后症状会减轻。营养缺乏： 缺乏维生素D等营养物质时，也可能影响肌肉的正常功能，导致肌肉酸痛。例如长期素食且日照不足的人，容易出现维生素D缺乏，进而引发肌肉酸痛。