毛囊炎可以使用的药膏种类较多，一般来说，细菌感染引起的毛囊炎常选用抗生素类药膏，比如莫匹罗星软膏，它对多种革兰阳性菌有抗菌作用，能有效抑制细菌感染引发的毛囊炎，一般药店都能买到，价格相对较为亲民，大概5~20元左右。而真菌感染引起的毛囊炎则需要使用抗真菌类药膏，像酮康唑乳膏就是常用的，它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。
细菌感染性毛囊炎适用药膏
莫匹罗星软膏：主要针对革兰阳性球菌引起的皮肤感染，对于金黄色葡萄球菌等导致的毛囊炎有较好的治疗效果。它可以直接涂抹在毛囊炎的患处，能有效杀灭病菌。不过，对莫匹罗星过敏的人不能使用。夫西地酸乳膏：对引起毛囊炎的常见细菌，如葡萄球菌有良好的抗菌活性。使用时取适量均匀涂抹于患处，一天可使用2~3次。但长期大面积使用可能会引起皮肤刺激等不良反应，需注意。
真菌感染性毛囊炎适用药膏
酮康唑乳膏：属于咪唑类抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥抗真菌作用。它适用于由马拉色菌等真菌引起的毛囊炎。使用时要清洁患处后，薄薄涂抹一层，一般每日1~2次。不过，孕妇及哺乳期妇女应在医生指导下使用，避免对胎儿或婴儿产生不良影响。特比萘芬乳膏：是丙烯胺类抗真菌药物，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的形成。对于真菌感染导致的毛囊炎有一定疗效，涂抹方法是早晚各一次，均匀涂于患处。但少数人使用后可能会出现局部皮肤烧灼感、瘙痒等不适症状，若症状严重应停药就医。
其他情况的药膏选择
复方多粘菌素B软膏：不仅可以对抗细菌，还对某些皮肤感染有综合的治疗作用。它对于多种细菌引起的毛囊炎有一定效果，能起到消炎、止痛、预防感染等作用。使用时直接涂抹在患处，一日涂抹2~4次。但对其中任何一种成分过敏者禁用。水杨酸软膏：如果毛囊炎伴有皮肤角化过度的情况，水杨酸软膏可能会有帮助。它可以软化角质，帮助疏通被堵塞的毛囊口，从而辅助治疗毛囊炎。使用时需注意避免接触眼睛和其他黏膜（如口、鼻等），用药部位如有烧灼感、红肿等情况应停药，并将局部药物洗净。