月经干净第二天同房存在怀孕的可能，也存在不怀孕的可能。以下具体分析：
一、月经规律的情况：若女性月经较为规律，那么月经干净后的第二天处于安全期范畴，通常不会有排卵现象，所以在此种情况下月经干净第二天后同房，怀孕的概率较小，基本不会怀孕。
二、月经不规律的情况：要是女性月经并不规律，就可能出现排卵异常、提前排卵等状况，而精子在女性体内可存活2至3天左右，这时同房就有可能导致怀孕的发生。
因此，在同房时应尽量做好避孕措施，比如佩戴避孕套，使用避孕套不但能预防怀孕，还能防止细菌病毒的侵入，降低妇科疾病出现的几率。
总之，月经干净第二天同房是否会怀孕不能一概而论，要根据女性月经情况具体判断，且无论何时同房，做好避孕措施都是很有必要的。