目前并没有能直接彻底清除HPV病毒的特效药物。不过人体自身的免疫系统有能力清除大部分HPV感染，约80%的女性一生中会感染HPV，但通常在1-2年内可依靠自身免疫力自行清除，只有持续高危型HPV感染才可能发展为宫颈癌等病变。
自然清除情况
人体免疫系统是清除HPV的重要力量，对于大部分免疫力正常的人来说，感染HPV后，机体免疫系统会发挥作用，大约有80%左右的HPV感染能在12-24个月内被自身免疫系统清除掉。
针对病变的干预方法
宫颈病变的干预
如果高危型HPV持续感染导致宫颈出现低度病变，一般会密切观察，因为部分低度病变可能会自行消退；而如果发展为高度病变，可能需要进行物理治疗，如激光治疗、冷冻治疗等，通过物理方法破坏病变组织。
肛门生殖器疣的干预
对于由HPV感染引起的肛门生殖器疣，可采用局部药物治疗，像鬼臼毒素酊，它能抑制疣体细胞的分裂增殖；还有咪喹莫特乳膏，能调节局部免疫反应来清除疣体，但这些药物主要是针对疣体，不是直接清除HPV病毒。
疫苗预防
二价HPV疫苗
二价HPV疫苗主要针对HPV16和HPV18型，可预防70%左右的宫颈癌，适合9 - 45岁的女性接种。
四价HPV疫苗
四价HPV疫苗能预防HPV6、11、16、18型，可预防70%宫颈癌和90%生殖器疣，适合20 - 45岁的人群接种。
九价HPV疫苗
九价HPV疫苗能预防更多型别，包括HPV6、11、16、18、31、33、45、52、58型，可预防90%的宫颈癌、85%的阴道癌、50%以上的低级宫颈病变、90%的生殖器疣和95%的肛门癌，适合16 - 26岁的人群接种，接种疫苗是预防HPV感染的重要有效手段，但不能治疗已存在的HPV感染。