酪酸梭菌活菌胶囊正常服用时一般较少出现危害，但个别人群可能有不同反应。一般来说，它的不良反应相对较少见，但也需关注。
胃肠道方面的可能情况
轻度胃肠道不适： 个别人在服用酪酸梭菌活菌胶囊后可能出现轻度的腹胀情况，不过这种情况通常比较少见，发生率较低。比如在临床观察中，大约有不到5%的人可能会出现短暂的腹胀现象，但一般不严重，不影响继续用药。肠胃反应个体差异： 由于每个人的胃肠道敏感程度不同，有些胃肠道较为敏感的人，在服用后可能会有极个别的出现腹痛的轻微表现，但总体发生概率极低。
过敏相关情况
过敏可能性极低： 酪酸梭菌活菌胶囊引起过敏反应的情况非常罕见。据统计，过敏发生率低于0.1%。不过一旦出现过敏，可能表现为皮肤瘙痒、皮疹等症状。如果出现皮肤瘙痒且伴有红色皮疹等情况，应立即停药并就医。特殊过敏体质需留意： 对于本身属于过敏体质的人群，在服用酪酸梭菌活菌胶囊时需要更加谨慎观察。虽然过敏概率低，但这类人群相对更容易发生过敏反应，所以服用过程中要密切关注自身身体状况。
与其他药物相互作用方面
与抗菌药物联用需注意： 当酪酸梭菌活菌胶囊需要与抗菌药物联用时，会有一定影响。比如与头孢菌素类等抗菌药物同时使用时，可能会降低酪酸梭菌活菌胶囊的疗效。因为抗菌药物在发挥杀菌等作用的同时，也可能杀灭酪酸梭菌活菌，所以如果需要联用，一般建议间隔2 - 3小时服用，以减少相互影响。与其他药物联用的谨慎性： 在服用酪酸梭菌活菌胶囊期间，如果还需要服用其他药物，最好先咨询医生或药师。因为不同药物之间可能存在未知的相互作用，虽然酪酸梭菌活菌胶囊与大多数药物的相互作用研究相对较少，但为了安全起见，用药前咨询专业人士是必要的。