早上醒来口苦口臭可能由多种原因引起，比如口腔卫生问题，据统计，约有50% - 90%的口臭是由口腔原因导致的。
口腔卫生不良
口腔清洁不彻底： 如果晚上睡前没有好好刷牙、漱口，食物残渣就会在口腔里残留，经过一夜的细菌发酵，就会产生难闻的气味，同时伴有口苦现象。比如，有些人晚上吃了很多食物，没有及时清洁口腔，就容易出现这种情况。牙齿问题： 龋齿（蛀牙）、牙周炎等牙齿疾病也会引发口苦口臭。龋齿里容易残留食物，细菌滋生；牙周炎患者牙龈会发炎，有菌斑、牙石等，都会导致口腔异味。例如，有龋齿的人，龋洞内容易积攒细菌和食物碎屑，时间长了就会产生异味。
消化系统问题
胃食管反流： 夜间平卧时，胃酸可能反流到食管甚至口腔，从而引起口苦口臭。有研究发现，约10% - 20%的胃食管反流患者会在早上出现口苦口臭症状。比如，本身有胃食管反流病史的人，晚上睡觉时体位改变可能加重反流，导致早上醒来感觉口苦口臭。消化不良： 晚餐吃得过多、过饱，或者吃了不易消化的食物，晚上胃肠消化负担重，容易出现消化不良，食物在胃肠道内停留时间过长，发酵产生异味，也可能向上反流至口腔，造成口苦口臭。比如，晚餐吃了大量油腻食物后，第二天早上可能会感觉口苦口臭。
其他因素
呼吸系统疾病： 如鼻窦炎、咽喉炎等。鼻窦炎患者鼻腔内分泌物倒流至口腔，咽喉炎患者咽喉部位有炎症、分泌物等，都可能导致口苦口臭。例如，鼻窦炎患者，炎症分泌物会通过后鼻孔流到口腔，引起异味。全身性疾病： 像糖尿病患者血糖控制不佳时，可能会出现酮症酸中毒，导致口中有烂苹果味，也就是口苦口臭的一种表现；还有肝胆疾病患者，比如胆囊炎、胆结石等，也可能出现口苦口臭情况。比如，糖尿病患者如果血糖长期偏高且没有得到良好控制，就有可能出现这种症状。