高密度脂蛋白胆固醇低可能由多种原因引起。一般来说，正常人群中高密度脂蛋白胆固醇男性约为0.96~1.15mmol/L，女性约为1.03~1.29mmol/L，若低于这个范围就可能被认为是高密度脂蛋白胆固醇低。
生活方式因素
饮食方面：长期摄入高糖、高脂食物，比如经常吃油炸食品、奶油蛋糕等，会影响血脂代谢，容易导致高密度脂蛋白胆固醇降低。而且如果饮食中缺乏蔬菜、水果等富含膳食纤维的食物，也可能对血脂产生不利影响。运动方面：缺乏运动的人，身体代谢率降低，脂质代谢减缓，也容易出现高密度脂蛋白胆固醇低的情况。长期不运动的人比经常运动的人患高密度脂蛋白胆固醇低的风险相对更高。
疾病因素
代谢性疾病：像糖尿病患者，由于体内糖代谢紊乱，会影响脂质代谢，使得高密度脂蛋白胆固醇水平下降。还有甲状腺功能减退症患者，甲状腺激素分泌不足会导致脂代谢异常，进而引起高密度脂蛋白胆固醇降低。肝脏疾病：例如肝硬化患者，肝脏功能受损，影响脂蛋白的合成与代谢，容易出现高密度脂蛋白胆固醇低的状况。另外，肝炎患者在病情活动期也可能伴随高密度脂蛋白胆固醇水平降低。
其他因素
年龄与性别：一般来说，男性高密度脂蛋白胆固醇水平通常低于女性，随着年龄增长，尤其是男性40岁以后、女性绝经后，高密度脂蛋白胆固醇水平有下降趋势。吸烟：吸烟会损伤血管内皮细胞，影响脂质代谢，从而导致高密度脂蛋白胆固醇降低。长期吸烟的人比不吸烟的人更易出现高密度脂蛋白胆固醇低的情况。