灰指甲常用的治疗药物有外用药物和口服药物。一般来说，外用抗真菌药物如阿莫罗芬搽剂，每周使用1-2次，连续使用数月；口服抗真菌药物如伊曲康唑胶囊，通常需要冲击疗法，一个疗程可能需要数周时间。
外用抗真菌药物：
阿莫罗芬搽剂： 它是一种局部外用的抗真菌药物，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥作用。使用时要清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲上，一般每周使用1-2次。不过，它对于较严重的灰指甲可能起效相对慢一些，而且需要坚持使用数月才能看到明显效果。环吡酮胺乳膏： 能改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌代谢过程。可直接涂抹在病甲及周围皮肤，每天使用1-2次。但使用时要注意避免接触眼睛和其他黏膜部位，如果用药部位出现红肿、烧灼感等不适，应及时停药。
口服抗真菌药物：
伊曲康唑胶囊： 属于广谱抗真菌药，它可以抑制真菌细胞色素P450酶系统，干扰真菌麦角固醇的合成。通常采用冲击疗法，即连续服用一周，停药三周为一个疗程，一般需要2-3个疗程。不过，服用伊曲康唑前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要慎用。特比萘芬片： 能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜形成。一般每天服用一次，疗程相对伊曲康唑可能短一些，但也需要根据病甲生长情况来确定疗程，通常手指甲灰指甲需要服用6-12周，脚趾甲灰指甲可能需要12-16周。同样，服用特比萘芬前也需要关注肝功能情况。
辅助治疗措施配合用药：
病甲修剪： 在使用药物治疗的同时，要定期修剪病甲，每次修剪后可以用碘伏等消毒剂消毒剪刀，防止交叉感染。一般每周可以适当修剪病甲，但不要过度修剪，以免损伤甲床。保持足部干燥： 灰指甲多与足部潮湿有关，所以要尽量保持足部干燥，比如穿透气性好的鞋子和袜子，每天更换袜子，脚出汗后及时擦干等。尤其是脚趾甲灰指甲患者，保持足部干燥有助于提高药物治疗效果，也能防止灰指甲复发。