肾结石患者疼痛的部位多与结石所在位置有关，一般来说，疼痛部位常见于腰部或上腹部。大约有一半的肾结石患者会出现腰腹部突发的剧烈疼痛，这种疼痛如刀割般难忍。
腰部隐痛情况
肾盂内较小结石： 当肾结石在肾盂内，且结石相对较小的时候，患者可能会感觉腰部有隐隐的胀痛感，这种疼痛可能持续时间较长，时轻时重，很多时候容易被患者忽视，以为是劳累等原因引起的。肾盏内结石： 如果结石在肾盏内，患者也可能会有腰部的隐痛，疼痛位置相对比较固定，在相应肾区的部位，可能会伴有腰部的酸胀不适。
肾绞痛发作情况
结石移动刺激： 当肾结石在肾脏内活动，比如从肾盂移动到输尿管时，就容易引发肾绞痛。这种疼痛非常剧烈，患者会感觉一侧腰部突然出现刀割样的疼痛，疼痛可以向同侧下腹部、腹股沟、大腿内侧放射。例如，有的患者会从腰部疼痛突然放射到下腹部，疼痛程度让人难以忍受，还可能伴有恶心、呕吐等症状。结石梗阻输尿管： 当结石梗阻输尿管时，会引起输尿管痉挛，进一步加重疼痛。此时疼痛发作比较突然，患者往往会蜷曲身体，试图缓解疼痛，疼痛持续时间不等，短则几分钟，长则数小时。
其他伴随疼痛情况
合并感染时： 如果肾结石合并有尿路感染，除了上述腰部或腹部疼痛外，还可能伴有下腹部的坠胀疼痛，同时可能会有尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状，疼痛性质也会有所不同，可能是一种持续性的隐痛或胀痛伴有刺痛感。结石排出过程中： 当结石在排出过程中，比如通过输尿管下口向膀胱移动时，患者可能会感觉下腹部有坠胀样的疼痛，同时可能会出现血尿等情况，疼痛相对肾绞痛会有所减轻，但仍然会让患者感觉不适。