肠结核的痊愈时间通常受到多种因素影响，一般来说，规范治疗下多数患者需要6~18个月左右能痊愈。
治疗方案影响痊愈时长
抗结核药物治疗：常用的抗结核药物有异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇等。如果能早期、规范、联合使用这些抗结核药物，一般经过6~9个月的强化治疗，再加上9~12个月的巩固治疗，大部分患者可以痊愈。但如果治疗方案不规范，比如随意停药、换药等，会延长痊愈时间，甚至可能导致病情反复。
病情严重程度不同痊愈有别
轻度肠结核：如果肠结核病情较轻，病变范围小，没有严重的并发症，经过规范治疗，可能6个月左右就能看到明显的好转，12个月左右有很大概率痊愈。重度肠结核：要是病情较重，出现了肠穿孔、肠梗阻等严重并发症，治疗时间会相对较长，可能需要18个月甚至更久才能痊愈，而且治疗过程中还可能需要配合手术等其他治疗手段，这都会影响痊愈的时间。
患者自身状况对痊愈的作用
免疫力正常的患者：自身免疫力较好的患者，对结核杆菌的抵抗力相对较强，在接受规范治疗时，身体恢复能力较好，痊愈时间可能相对较短，一般在6~12个月左右有较大希望痊愈。免疫力低下的患者：比如合并有艾滋病等免疫缺陷疾病的患者，肠结核的痊愈时间会明显延长，可能需要12个月以上，甚至更长时间，因为免疫力低下会影响身体对药物的反应和自身的修复能力。