手指疣最简单的治疗方法可以考虑外用药物，比如5%氟尿嘧啶软膏，它能抑制细胞DNA合成，起到一定治疗作用，但使用时要注意避免接触正常皮肤。
物理治疗方式
冷冻治疗： 这是比较常用的方法，利用低温使疣体组织坏死脱落。一般每隔1 - 2周做一次，可能需要多次治疗才能完全去除疣体，治疗后局部会有红肿、水疱等反应，要注意保持局部清洁，避免感染。激光治疗： 用激光的高能量烧灼疣体，使其碳化脱落。治疗过程相对较快，不过术后要注意创面护理，防止感染，且可能会有一定的色素沉着风险，但一般会逐渐恢复。
局部免疫调节治疗
咪喹莫特乳膏： 它可以调节局部免疫功能，刺激机体产生抗病毒物质来对抗疣体。通常每周使用3次，在医生指导下涂抹于疣体部位，使用时要注意避免接触周围正常皮肤，部分人使用后可能会出现局部红斑、瘙痒等不适反应。鬼臼毒素酊： 能抑制受感染细胞的分裂增殖，从而起到治疗作用。但此药有一定刺激性，使用时要小心不要涂到正常皮肤上，孕妇禁用，因为可能会对胎儿造成不良影响。
日常注意事项
避免搔抓： 手指长疣后，要尽量避免用手搔抓疣体，因为搔抓可能会导致疣体自身接种，使疣体数量增多，还可能引起局部皮肤破损，增加感染的风险。注意个人卫生： 要保持手部清洁，勤洗手，尤其是在接触公共物品后。同时，个人的毛巾、手套等物品要单独使用，避免与他人共用，防止交叉感染。