男朋友结扎后女朋友仍怀孕，可能是以下原因导致：
1.结扎手术失败：结扎手术并不是100%有效的，可能会出现结扎线脱落、输精管再通等情况，导致避孕失败。
结扎线脱落：结扎手术时，医生会将输精管结扎，并将其剪断。如果结扎线脱落，输精管就可能重新连接，使精子能够通过。
输精管再通：在结扎手术后，输精管可能会自行愈合，但在愈合过程中可能会出现狭窄或堵塞。随着时间的推移，输精管可能会再次通畅，使精子能够通过。
2.术后并发症：结扎手术后，可能会出现一些并发症，如感染、血肿等，这些并发症可能会影响手术效果，导致避孕失败。
3.其他因素：除了手术原因外，还有一些其他因素可能导致避孕失败，如：
安全期避孕：安全期避孕并不是绝对安全的，因为女性的排卵时间可能会受到情绪、环境等因素的影响而发生变化。
避孕套破裂或滑脱：如果在性行为中使用了避孕套，但避孕套破裂或滑脱，精子可能会进入女性体内，导致怀孕。
漏服避孕药：如果在服用避孕药时漏服，可能会导致避孕失败。
精子畸形：虽然男朋友已经结扎，但他的精子可能仍然存在畸形或其他问题，这些问题可能会影响避孕效果。
如果女朋友在男朋友结扎后怀孕，建议及时就医，进行详细的检查和咨询。医生会根据具体情况，给出相应的建议和处理方案。同时，在进行性行为时，建议采取其他可靠的避孕措施，如避孕套、避孕药等，以避免意外怀孕的发生。