婴儿脖子后边两侧有小疙瘩可能是以下原因导致：
一、淋巴结肿大：
1.婴儿抵抗力较弱，若受到病毒、细菌、真菌、衣原体等感染，易引发淋巴结肿大而出现该症状。
2.由于炎症引起，可遵医嘱口服阿莫西林克拉维酸钾干混悬剂、头孢克肟颗粒等药物进行杀菌抗炎治疗。平时要注意清淡饮食，多喝水，这有助于症状改善。
二、接触性皮炎：
1.婴儿肌肤娇嫩，接触到刺激性物质可能导致皮肤黏膜接触部位发生急性或慢性炎症反应，形成接触性皮炎从而出现此现象。
2.应远离过敏原，必要时可遵医嘱口服氯雷他定颗粒、盐酸西替利嗪颗粒等药物。也可外用炉甘石洗剂、莫匹罗星软膏等药物涂抹，以改善皮肤瘙痒、胀痛等不适症状。
三、传染性软疣：
1.婴儿皮肤柔嫩抵抗力低，易被传染性软疣病毒感染，感染后可能引起皮疹，造成脖子后边两侧有小疙瘩。
2.建议在医生指导下外用维A酸软膏、咪喹莫特乳膏等药物局部涂抹，以抑制或杀灭病毒，促进症状愈合。
四、其他原因：湿疹、过敏、痱子等也可能造成婴儿脖子后边两侧有小疙瘩，要注意鉴别。若是过敏引起，应远离过敏原，瘙痒症状严重时可遵医嘱使用炉甘石洗剂、氢化可的松乳膏涂抹治疗。
总结概况提示：婴儿脖子后边两侧有小疙瘩可能由多种原因引起，包括淋巴结肿大、接触性皮炎、传染性软疣以及其他一些情况，需要仔细甄别，根据具体病因采取相应的治疗措施。