三个月宝宝流口水的原因包括吞咽功能未发育完善、口腔溃疡、鹅口疮等，需针对具体病因进行治疗。
一、吞咽功能未发育完善：三个月宝宝吞咽功能尚未发育成熟，但唾液腺已开始发育，如果唾液分泌后不能及时吞咽到腹中，就可能出现流口水现象，这属于正常情况，不必过度担忧。
二、口腔溃疡：多由细菌感染引起，会导致口腔黏膜疼痛，还会刺激唾液腺分泌增多而流口水。治疗上可选用碘甘油、口腔溃疡散、开喉剑喷雾剂等药物。
1.碘甘油：有一定消毒防腐作用，能缓解口腔溃疡症状。
2.口腔溃疡散：可清热敛疮，有助于促进口腔溃疡愈合。
3.开喉剑喷雾剂：能清热解毒，消肿止痛。
三、鹅口疮：通常是真菌感染所致，会造成口腔黏膜白斑，伴有疼痛，使宝宝不敢闭嘴而流口水。可遵医嘱使用度米芬含片、度米芬滴丸、制霉菌素片等药物治疗。
1.度米芬含片：具有广谱杀菌作用。
2.度米芬滴丸：能有效抑制真菌。
3.制霉菌素片：常用于治疗真菌感染引起的病症。
此外，还不能排除病毒性疱疹等因素的可能，所以需要根据病因选择合适的处理方法。
总之，当发现三个月宝宝流口水时，要仔细分析原因，必要时及时就医，采取针对性的治疗措施。