龟头炎的治疗药物需根据不同病因选择，一般细菌性龟头炎可选用抗生素类药物，如莫匹罗星软膏等，通常用药后数天内症状会有所改善。
细菌性龟头炎用药
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的细菌性龟头炎。它能抑制细菌蛋白质的合成，从而发挥抗菌作用。一般局部外用，直接涂抹在患处。红霉素软膏： 属于大环内酯类抗生素，对革兰阳性菌有较强的抗菌活性，也可用于细菌性龟头炎的治疗。局部涂抹，能起到抗感染的效果。
念珠菌性龟头炎用药
克霉唑乳膏： 是抗真菌药物，对念珠菌有较好的抑制作用。通过抑制真菌细胞膜的合成，影响其代谢过程来发挥抗真菌功效。外用，涂抹于患处。咪康唑乳膏： 同样为抗真菌药，能干扰念珠菌的细胞色素P450的活性，从而抑制真菌细胞膜的合成。局部外用治疗念珠菌性龟头炎。
滴虫性龟头炎用药
甲硝唑软膏： 对滴虫有杀灭作用，可用于滴虫性龟头炎的治疗。通过阻碍滴虫的代谢过程，使其死亡。局部涂抹患处。在使用药物治疗龟头炎时，还需注意保持局部清洁卫生，每天用清水清洗龟头，避免刺激。如果是配偶患有念珠菌性阴道炎，要同时进行治疗，防止交叉感染。此外，糖尿病患者等免疫力较低的人群，在治疗龟头炎的同时，还需积极控制血糖等基础疾病，以促进病情的恢复。同时，要避免自行盲目用药，应在医生明确病因后，根据具体情况合理选用药物。