男性尿路感染通常是由细菌等病原体入侵泌尿系统引起的。一般来说，大约有95%的尿路感染是由单一细菌引起的，其中最常见的致病菌是大肠埃希菌。
致病菌入侵途径
上行感染：这是最主要的感染途径。细菌从尿道外口进入尿道，然后沿着尿道向上蔓延至膀胱、输尿管甚至肾脏。比如，不注意个人卫生，尤其是会阴部清洁不到位时，细菌很容易通过尿道上行。女性因为尿道短而直，相对男性更易发生上行感染，但男性如果不注意卫生，也可能出现这种情况。血行感染：细菌从身体其他部位的感染灶，通过血液循环到达泌尿系统引起感染。例如，皮肤感染、扁桃体炎等部位的细菌，可随着血液流动到达肾脏等泌尿系统部位引发感染，但这种情况相对较少见。
自身防御机制薄弱因素
尿路梗阻：男性如果存在尿路结石、前列腺增生等情况，会导致尿液排出不畅，尿液在尿路中潴留，为细菌的生长繁殖提供了有利条件。比如前列腺增生的男性，随着年龄增长，发病率逐渐升高，增生的前列腺会压迫尿道，影响尿液正常排出，增加尿路感染的风险。免疫力低下：当男性身体免疫力下降时，比如患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期使用免疫抑制剂，身体抵御细菌的能力减弱，就更容易受到细菌侵袭引发尿路感染。像糖尿病患者，由于血糖水平较高，有利于细菌生长，且自身免疫功能也会受到影响，比常人更易发生尿路感染。
医源性因素影响
导尿等操作：如果男性因医疗需要进行导尿、膀胱镜检查等操作时，若操作过程中没有严格遵循无菌原则，就可能将细菌带入泌尿系统，引发感染。比如导尿时间超过3天，尿路感染的发生率可高达90%以上。尿道器械检查：进行尿道扩张、尿道造影等尿道器械检查时，也可能损伤尿道黏膜，使细菌容易侵入，从而导致尿路感染。