牙齿旁边的肉肿起来了的治疗需依据不同症状和病因来区分。常见情况包括根尖周脓肿、根尖瘘管、牙周脓肿等。
一、根尖周脓肿：患牙多存在龋洞或残冠、残根等牙体问题。通常会伴有显著的牙齿及颌面部肿痛症状。其治疗方法如下，1.若患牙可以保留，则需同时进行根管治疗与药物抗炎治疗；2.要是患牙无法保留，则需先进行药物抗炎治疗，待脓肿减轻或消除后将患牙拔除。
二、根尖瘘管：患牙同样多有龋洞或残冠、残根等牙体问题。根尖瘘管属于牙根的慢性炎症，通常不会有明显疼痛，仅表现为牙龈上的小疱。治疗方法是，1.若患牙能够保留则要进行根管治疗；2.若患牙无法保留则需拔除。
三、牙周脓肿：一般是由慢性牙周炎急性发作导致，牙齿常有明显松动，通常不存在龋洞或其他缺损。为保住患牙应尽快到口腔科进行牙周相关治疗，同时可口服一些抗生素，以及局部用氯己定等漱口水漱口。
四、抗炎治疗的药物可选择阿莫西林加硝基咪唑类，如甲硝唑或奥硝唑。对青霉素过敏的患者可用头孢或者罗红霉素替代阿莫西林。
总结提示：以上内容仅供参考，牙齿旁肉肿起的具体治疗应及时就医，完善相关检查后由专业医生进行确定和实施。