肉毒素除皱可能出现一些副作用，但并非都会很严重。一般短期可能有局部轻微不适，如注射部位轻度肿胀、淤血等，通常数天内可缓解。
局部肌肉运动异常
可能出现注射部位肌肉力量减弱，导致表情不自然，这是因为肉毒素作用于肌肉阻断神经传导，若注射剂量或部位不当可能影响面部正常表情活动，一般数月后可逐渐恢复，但恢复时间因个体差异不同。
全身性反应
极少数人可能出现全身性副作用，如头痛、乏力等，但发生概率极低。这可能与个体对肉毒素的敏感性或身体整体反应有关，一旦出现需及时就医评估。
过敏反应
虽然罕见，但存在对肉毒素过敏的可能，表现为皮疹、呼吸困难等严重过敏症状。过敏体质者在注射前需格外谨慎，注射后要密切观察自身反应。
药物扩散影响
肉毒素可能扩散至邻近肌肉，导致非预期部位肌肉无力，比如眼部周围注射不当可能影响眼睑闭合功能等。这与注射操作的精准度密切相关，经验丰富的医生可降低此类风险。特殊人群方面，孕妇、哺乳期女性由于身体处于特殊生理状态，肉毒素除皱可能对胎儿或婴儿产生未知影响，应避免进行肉毒素除皱；有神经肌肉疾病史的人群，注射肉毒素可能加重病情，需提前告知医生自身病史以评估风险。