手足口病后指甲脱落可能是甲母质损伤导致，也可能是缺钙引起。具体如下：
一、甲母质损伤：
手足口病是因肠道病毒感染而引发的疾病。患者常会有发烧，且手足口腔等部位会出现散落的皮疹及疱疹，严重者还会有头痛、呕吐、肢体抖动、呼吸急促甚至危及生命等情况。如果症状较轻，痊愈后一般不会出现指甲脱落现象，但症状严重时会损伤甲母质从而导致指甲脱落，通常三个月左右会逐渐长出新指甲，无需过度担心。
二、缺钙：
孩子若有挑食或偏食情况，可能导致体内营养不足。长期缺钙会使指甲脱落，此时需及时服用钙剂补充，同时服用维生素D辅助，以加快身体对钙的吸收。平时一定要保证营养均衡，避免过度挑食。
总之，手足口病后指甲脱落的原因主要有上述两种，要根据具体情况进行应对和处理。