孕40天流产的处理需综合考虑多种因素，包括流产方式、孕妇身体状况以及复查结果等，特别是对于流产不全的情况要妥善处理，如进行药物调理或清宫手术，以保障子宫良好恢复。具体如下：
一、自然流产：
1.若怀孕40天自然流产，要持续密切观察出血量和出血时间。出血停止后应及时前往医院进行彩超复查，以明确是否流产完全。
2.如果提示宫腔内残留物较多或存在流产不全，建议安排清宫手术，这是因为若不及时处理，可能导致出血时间延长，还会显著增加宫腔内感染的风险。
3.在清宫手术后，孕妇需充分休息，严禁性生活。必要时还需遵医嘱使用甲硝唑片进行抗感染治疗，以降低术后感染的发生几率。
二、人工流产：
1.若是意外怀孕40天打算进行流产手术，首先要到医院接受全面检查，以评估女性的身体状况，进而确定流产方案。在确诊为正常宫内孕后，可预约药物流产或无痛人流手术。
2.流产前要做好相应准备，流产后要多加休息，避免引起宫腔内感染。术后可遵医嘱使用益母草颗粒，其有助于促进子宫收缩，可帮助改善腹痛、出血等现象。
总之，孕40天流产后的处理要根据具体情况来选择合适的方式，以保障孕妇的健康和子宫的良好恢复。