孕三个月有褐色分泌物是不正常的，其产生原因主要有先兆流产、阴道炎、宫颈疾病这三种。
一、先兆流产：出现褐色分泌物可能是先兆流产的表现。这时应尽快前往医院，通过超声检查来了解胎儿情况以及胎盘情况，而后医生会依据检查结果使用保胎药物进行治疗，比如地屈孕酮片、黄体酮胶囊等。
1.地屈孕酮片：可用于治疗内源性孕酮不足引起的疾病，如先兆流产等。
2.黄体酮胶囊：对黄体功能不足等原因导致的先兆流产有一定疗效。
二、阴道炎：孕期若不注重个人卫生，容易引发阴道炎症，从而出现褐色分泌物。应当进行白带常规检查，再根据检查结果在医生指导下进行阴道用药治疗，例如硝呋太尔制霉素阴道软胶囊等。
1.硝呋太尔制霉素阴道软胶囊：可用于治疗细菌性阴道病、滴虫性阴道炎等。
三、宫颈疾病：若存在宫颈息肉等问题，也会导致褐色分泌物出现。需进行宫颈检查，然后根据结果来决定处理方式。如果症状较轻，可以先观察而不进行治疗；如果症状较重且出血量较多，可在孕4个月左右时考虑进行手术摘除治疗。
(1)宫颈息肉：是慢性宫颈炎表现的一种。
孕期应注意个人卫生，多休息，避免熬夜，同时还需要适当运动，定期进行孕检，保持良好心态。总之，当孕三个月出现褐色分泌物时，应及时就医，明确原因后进行针对性治疗和处理，以保障孕妇和胎儿的健康。