肠胃功能性消化不良可使用促胃肠动力药，如多潘立酮；助消化药，如复方消化酶制剂；抑酸剂，如奥美拉唑等。
促胃肠动力药
多潘立酮能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等症状，适用于以腹胀、早饱为主要症状的患者，一般人群均可使用，但需注意有胃肠道出血、机械性梗阻或穿孔等情况者禁用，儿童使用需谨慎评估。
助消化药
复方消化酶制剂可补充消化酶，帮助消化，改善消化不良引起的食欲不佳、嗳气等表现，不同年龄人群可根据自身情况选用合适剂型，一般耐受性较好，但对其中成分过敏者禁用。
抑酸剂
奥美拉唑属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，缓解因胃酸过多导致的胃痛、反酸等症状，适用于有反酸、烧心等症状的患者，老年人使用时需关注药物相互作用，孕妇及哺乳期妇女慎用。