睑板腺功能障碍的治疗可通过多种方式进行，一般可通过局部治疗、全身治疗等方法来改善。通常局部治疗中热敷是常用的方法，可每天用40~45℃的温热毛巾敷眼，每次10~15分钟，每天3~4次，能促进睑板腺分泌物的排出。
局部治疗方法
眼睑清洁： 可以使用无刺激的眼睑清洁剂来清洁眼睑，去除睑缘的鳞屑、油脂等。比如用含有茶树油成分的眼睑清洁液，能有效清洁睑缘，减少细菌等的滋生。按摩睑板腺： 患者可以自己或在他人帮助下进行睑板腺按摩。先将少量的眼部润滑液涂在眼睑上，然后用手指轻轻按摩眼睑，从睑缘向睑板腺开口方向挤压，帮助排出睑板腺内的分泌物。
药物治疗方面
抗生素眼药水： 如果睑板腺功能障碍合并有细菌感染，可使用抗生素眼药水，如左氧氟沙星滴眼液等，能抑制细菌生长，减轻炎症反应。糖皮质激素眼药水： 对于炎症比较明显的情况，可短期使用糖皮质激素眼药水，如氟米龙滴眼液，但要注意长期使用可能会引起眼压升高等副作用，需在医生密切监测下使用。
全身治疗相关
补充油脂类食物： 患者可适当补充富含Omega - 3脂肪酸的食物，像深海鱼类等，Omega - 3脂肪酸有助于改善睑板腺分泌功能。一般建议每周吃2~3次深海鱼类。治疗基础疾病： 若患者合并有脂溢性皮炎、酒糟鼻等基础疾病，需要同时对这些基础疾病进行治疗。比如脂溢性皮炎患者可能需要使用相应的抗脂溢药物来控制病情，从而间接改善睑板腺功能障碍的状况。