尿的时候尿道疼可能由多种原因引起，比如泌尿系统感染，像尿道炎，女性发病率相对较高，大约10% - 20%的女性在一生中会有急性尿道炎发作。
泌尿系统感染导致
尿道炎： 除了细菌感染，支原体、衣原体感染也会引发尿道炎，出现尿道疼痛、尿频、尿急等症状。比如沙眼衣原体感染引起的非淋菌性尿道炎，也会有尿道疼痛表现。膀胱炎： 膀胱炎患者除了尿道疼，还可能有下腹部疼痛，尿液可能会浑浊，有时还会出现血尿。急性膀胱炎如果不及时治疗，可能会迁延成慢性膀胱炎。
尿道结石引起
尿道结石来源： 一部分尿道结石是肾、输尿管或膀胱结石排到尿道所致。较小的尿道结石可能会刺激尿道黏膜，导致尿道疼痛，排尿时疼痛可能会加重。症状特点： 有的患者能感觉到尿道内有异物感，排尿时结石可能会堵塞尿道，出现排尿困难的情况。
外伤因素影响
外力撞击： 会阴部受到外力撞击，比如骑跨伤等，可能会导致尿道损伤，进而出现尿道疼，受伤局部可能会有肿胀等表现。医源性损伤： 一些尿道器械检查，如膀胱镜检查等，操作不当可能会造成尿道黏膜损伤，引起尿道疼痛，一般检查后短时间内会出现症状。
其他因素
化学物质刺激： 长期使用某些刺激性较强的洗剂清洗外阴，或者接触某些化学物质，可能会刺激尿道，引起尿道疼。过敏反应： 对卫生巾、避孕套等过敏，也可能会出现尿道疼的症状，同时可能伴有外阴瘙痒等过敏表现。