第三代试管婴儿的成功率受到多种因素影响，一般来说，在30%~60%左右。但具体成功率会因个体情况不同而有差异。
影响第三代试管婴儿成功率的因素一：女方年龄
年轻女性成功率相对高： 25~34岁的女性做第三代试管婴儿，成功率相对较高，能达到40%~60%左右。因为这个年龄段女性的卵巢功能较好，卵子质量相对较高。高龄女性成功率降低： 35岁以上女性随着年龄增长，卵子数量和质量下降，第三代试管婴儿成功率会逐渐降低。40岁以上女性成功率可能降到30%以下。
影响第三代试管婴儿成功率的因素二：男方精子质量
精子质量良好成功率高： 男方精子活力正常、形态正常的情况下，第三代试管婴儿成功率相对有保障。一般精子各项指标正常时，成功率能维持在较好水平。精子质量差影响成功率： 如果男方存在严重少精、弱精、畸形精子症等情况，会明显降低第三代试管婴儿的成功率。比如重度少精症患者，精子数量过少，与卵子结合的机会大大减少，成功率会受到较大影响。
影响第三代试管婴儿成功率的因素三：胚胎质量
优质胚胎成功率高： 培育出的胚胎质量好，移植后着床率高，第三代试管婴儿成功率也就相应提高。通过胚胎植入前遗传学检测筛选出的优质胚胎，移植成功率相对较高。胚胎质量差降低成功率： 如果胚胎本身存在染色体异常等问题，即使进行了第三代试管婴儿技术，移植后也不容易着床，或者着床后容易发生流产等情况，从而降低成功率。
影响第三代试管婴儿成功率的因素四：子宫环境
子宫环境良好成功率高： 女性子宫形态正常、内膜厚度合适（一般要求8~12mm）、没有子宫疾病（如子宫肌瘤、子宫内膜息肉等）时，第三代试管婴儿成功率较高。良好的子宫环境有利于胚胎着床。子宫环境不佳降低成功率： 若子宫存在病变，如患有较大的子宫肌瘤可能影响胚胎着床，子宫内膜薄或有炎症等情况，都会使第三代试管婴儿的成功率下降。