扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，尤其是HPV-3型等亚型病毒。大约65%的扁平疣患者是通过直接接触传染，比如与扁平疣患者共用毛巾、衣物等；还有约35%是间接接触被病毒污染的物品而感染。
病毒传播途径
直接接触传播： 当健康人与扁平疣患者的皮肤直接接触时，比如握手、拥抱等，就有可能被传染上HPV病毒。特别是皮肤有破损的时候，病毒更容易侵入。间接接触传播： 接触被HPV污染的物品也会感染，像共用被病毒污染的毛巾、脸盆、衣物等。比如在公共浴室、游泳池等场所，接触到被病毒污染的设施后，若皮肤有细微破损，就可能感染。
易患人群特点
免疫力较低者： 儿童和青少年的免疫系统相对较弱，更容易感染HPV引发扁平疣。比如一些体质较弱的孩子，在接触到病毒后，身体抵御能力不足以清除病毒，就容易发病。皮肤有外伤者： 皮肤出现擦伤、抓伤等外伤时，皮肤的屏障功能受损，HPV病毒就更容易入侵。例如孩子玩耍时不小心摔倒擦伤了皮肤，此时若接触到HPV病毒，就增加了患扁平疣的风险。
自身接种情况
搔抓引起自身接种： 扁平疣患者如果用手搔抓患处，再去接触身体其他部位的皮肤，就可能导致病毒接种到其他部位，引起新的疣体出现。比如手上长了扁平疣，搔抓后用手摸脸，就可能在脸部接种出疣体。一般来说，这种自身接种可能在数周或数月内逐渐显现出新的疣体。