传染性软疣主要通过局部治疗来改善，一般采用物理治疗方法。比如冷冻治疗，就是利用低温使软疣小体坏死脱落，通常经过1 - 2次冷冻可能就能去除疣体。
物理治疗方法
冷冻治疗： 利用液氮的低温作用，使软疣组织坏死、脱落。一般来说，较小的软疣可能1次冷冻就有效果，较大的软疣可能需要2 - 3次冷冻。操作时会有轻微疼痛，但大多人可耐受。刮除术： 用消毒后的刮匙将软疣小体刮除。操作前会进行局部消毒，刮除后局部可能会有少量出血，需要压迫止血。一般一次刮除后，创面要保持清洁，避免感染。
局部药物治疗
外用抗病毒药物： 如酞丁安搽剂，它可以抑制病毒的复制。每天需要涂抹2 - 3次，连续使用几周时间，不过疗效相对物理治疗可能稍慢一些。斑蝥素： 也可用于治疗传染性软疣，但使用时要注意避免接触正常皮肤，防止引起刺激。
日常注意事项
个人卫生： 要保持皮肤清洁，勤换洗衣物。患者的衣物、毛巾等要单独清洗，并用开水烫洗，在阳光下暴晒，以杀灭可能残留的病毒。避免搔抓： 传染性软疣患者不要搔抓疣体，因为搔抓可能会导致自身接种，使皮疹扩散到身体其他部位，引起更多的软疣生长。公共场所注意： 在公共泳池、浴室等场所要注意防护，避免与他人共用毛巾、浴巾等物品，防止传染给他人。