环孢素软胶囊主要用于预防同种异体肾、肝、心、骨髓等器官或组织移植所发生的排斥反应，也适用于预防及治疗骨髓移植时发生的移植物抗宿主病。
器官移植后的排斥反应预防与治疗
预防肾移植排斥：在肾移植手术中，通常会在移植前就开始使用环孢素软胶囊来预防排斥反应，通过抑制免疫系统对移植肾的攻击来提高移植成功率。治疗肝移植排斥：对于肝移植患者，环孢素软胶囊可用于治疗出现的排斥反应情况，帮助维持肝脏移植后的正常功能。
移植物抗宿主病的防治
预防骨髓移植移植物抗宿主病：在骨髓移植过程中，环孢素软胶囊能起到预防移植物抗宿主病的作用，降低患者出现相关严重并发症的风险。治疗骨髓移植移植物抗宿主病：当骨髓移植后发生移植物抗宿主病时，环孢素软胶囊也可参与到治疗方案中，缓解病情。
自身免疫性疾病的应用
类风湿关节炎：对于一些类风湿关节炎患者，在其他治疗方案效果不佳时，可能会使用环孢素软胶囊来调节免疫系统，减轻关节的炎症等症状。银屑病：部分银屑病患者也可能会用到环孢素软胶囊，它可以通过抑制免疫系统相关反应来改善银屑病的皮肤病变等情况，但使用时需要严格遵循医嘱，因为其有一定的副作用风险。