阴茎上长出小疙瘩可采取多种方式治疗，包括做好阴茎卫生护理，根据医生指导使用药物治疗、物理治疗、手术治疗等。具体如下：
一、阴茎卫生护理：阴茎上长小疙瘩后，做好阴茎卫生护理有助于病情恢复和治疗。比如用温水清洗阴茎，勤换洗内衣裤等。
二、药物治疗：
1.如果是阴茎毛囊炎和包皮炎引起的，可遵医嘱使用红霉素软膏、莫匹罗星软膏等，有较好疗效。
2.若是真菌感染导致的，可遵医嘱应用盐酸特比萘芬散、氟康唑等进行治疗。
三、物理治疗：针对HPV感染引起的症状，可根据医生建议进行物理治疗，如冷冻治疗、激光治疗等，有较为明显的效果。
四、手术治疗：
(1)可根据医生指导进行手术切除等方式治疗。
(2)必要时也可进行手术植皮等。
阴茎上长小疙瘩的注意事项有：
1.要及时去医院检查并进行相应处理治疗。
2.在生活中需做好阴茎的卫生清洁工作。
3.治疗期间保持饮食清淡健康，同时避免性生活。
总之，当发现阴茎上长小疙瘩后，应采取合适的治疗方法，并注意相关事项。