早晚咳嗽可能由多种原因引起。比如，上呼吸道感染康复后可能会有一段时间的咳嗽，一般持续1 - 3周左右。而过敏因素也可能导致早晚咳嗽，像过敏性鼻炎引发的咳嗽，在晨起接触过敏原或夜间温度变化时容易发作。
呼吸道感染后咳嗽
感染后炎症刺激： 当人体遭受病毒、细菌等病原体感染引发呼吸道感染，如感冒、支气管炎等，感染控制后，呼吸道黏膜的炎症反应可能不会立刻消退，仍会有咳嗽症状，尤其在早晚气温较低或活动后，刺激呼吸道，咳嗽会更明显。一般这种情况会持续数周，身体会逐渐自行修复。黏液分泌影响： 感染期间呼吸道会产生较多黏液，感染恢复后，这些黏液需要时间排出，早晚时人体的体位变化等可能会促使黏液刺激呼吸道，引起咳嗽。
过敏因素导致
过敏原接触： 有些人群属于过敏体质，早晚可能接触到不同的过敏原，比如早晨起床时接触到室内的灰尘、尘螨，夜间睡眠时可能接触到床上的绒毛等。以尘螨为例，它是常见的过敏原，微小的尘螨尸体、排泄物等被吸入呼吸道后，会引发过敏反应，导致气道高反应性，从而出现早晚咳嗽。气温变化刺激： 早晚气温相对较低，冷空气刺激呼吸道，再加上可能同时存在的过敏原，会加重过敏症状，引起咳嗽。比如对冷空气过敏的人，在早晚外出时，吸入冷空气就容易咳嗽。
鼻部疾病引发
鼻后滴漏综合征： 像慢性鼻窦炎患者，鼻腔内的炎性分泌物会倒流至咽喉部，刺激咽喉引起咳嗽，尤其在早晚平躺时，分泌物更容易倒流，导致咳嗽加重。鼻窦炎患者鼻腔分泌物量可能较多，每天可能有几十毫升甚至更多，这些分泌物含有炎症介质等，不断刺激呼吸道。鼻炎影响： 过敏性鼻炎患者，鼻腔炎症会导致鼻黏膜充血、水肿，产生较多分泌物，早晚时鼻黏膜的状态变化以及分泌物的刺激，会通过鼻后滴漏或直接刺激咽喉，引发咳嗽。例如，过敏性鼻炎患者在早晨起床后，接触到室内外的过敏原，加上鼻腔分泌物的影响，咳嗽会比较明显。