长期的功能性消化不良可能会致使人体抵抗力下降，其基本原理在于缺乏胃动力，胃动力不足必然导致功能性消化不良，进而使得营养摄入不全面，从而影响人体机能和抵抗力降低。功能性消化不良通常首先会在上腹部出现饱胀感，还会有恶心、呕吐或食欲不振等表现，而长期功能性消化不良较为常见的症状包括腹泻、便秘、腹痛。
一、腹泻
功能性消化不良引发腹泻，主要是因为胃动力不足、消化液分泌缺乏，食物进入胃中不能完全消化便排入肠道，刺激肠壁致使其蠕动加快从而引起腹泻。治疗该病症需要先从改善功能性消化不良着手，然后针对腹泻进行对症治疗，同时要注意合理饮食。
二、便秘
功能性消化不良引起便秘，其原因可能是环境因素、心理因素或者胃酸分泌异常等。还有就是平时过多食用辛辣类、油炸类或生冷食物，导致食物堆积，容易出现功能性消化不良情况，继而引发便秘。治疗也需从改善功能性消化不良开始，接着针对便秘对症治疗，且要注意饮食。
三、腹痛
功能性消化不良导致腹痛，一般是由不良饮食习惯引起，比如食用不洁食物或受凉食物，以及暴饮暴食或饮食不规律等，通常会在饭后出现疼痛，并且还会导致上腹部出现饱胀感。治疗同样要从改善功能性消化不良着手，然后针对腹痛腹胀对症治疗，可口服健胃消食片等药品。
总结：功能性消化不良可能带来一系列症状如腹泻、便秘、腹痛等，治疗时都要先改善功能性消化不良这一根本问题，再针对具体症状进行对症处理，同时日常饮食也要多加注意。