扁桃体结石的医治方法需根据具体情况来定。一般较小的扁桃体结石可以通过日常口腔清洁来改善，比如每天至少刷牙2次，使用漱口水辅助清洁口腔，坚持一段时间可能会使较小的结石自行脱落。
日常清洁缓解
刷牙漱口： 每天早晚认真刷牙，使用软毛牙刷，保证每个牙面都能清洁到。同时，使用含杀菌成分的漱口水，每天漱口3 - 4次，每次漱口时间保持30秒左右，能帮助减少口腔内细菌滋生，降低扁桃体结石形成的概率，对于较小的结石可能有一定的清除作用。棉签清理： 可以在镜子辅助下，用干净的棉签轻轻擦拭扁桃体表面，若结石较小，有可能被擦拭掉，但操作时要注意轻柔，避免损伤扁桃体组织。
医疗手段干预
医生剔除： 当扁桃体结石较大、较多，引起咽部异物感、疼痛等不适症状时，患者需及时就医。医生会在局部麻醉下，用专门的器械将扁桃体结石剔除。一般在正规医院由专业医生操作，能较为安全有效地清除结石，但术后要注意口腔护理，防止感染。激光治疗： 对于反复出现扁桃体结石且药物治疗、日常清洁等效果不佳的情况，可考虑激光治疗。激光能通过产生的能量破坏结石，使其粉碎后更容易排出或被机体吸收，但激光治疗有一定的适应证和禁忌证，需要医生评估患者具体病情后决定是否采用。
手术治疗情况
扁桃体切除术： 如果扁桃体结石频繁发作，严重影响患者的生活质量，经过多种保守治疗无效，医生可能会建议行扁桃体切除术。但扁桃体是人体的免疫器官，儿童时期切除扁桃体可能会对免疫功能有一定影响，所以一般会谨慎评估后再决定是否手术。手术通常是在全身麻醉下进行，术后需要注意休息，加强创面护理，预防出血、感染等并发症。