男性尿路感染通常是由多种因素引起的。一般来说，细菌感染是导致男性尿路感染的主要原因，其中大肠埃希菌最为常见，约占尿路感染病原菌的80%左右。
病原体入侵途径
上行感染： 这是最常见的感染途径。细菌从尿道外口进入尿道，然后沿着尿道向上蔓延至膀胱、输尿管甚至肾脏。比如，不注意个人卫生，尤其是会阴部的清洁，细菌就容易通过尿道口进入尿道引发感染。男性如果长时间憋尿，会使尿液在尿道内停留时间延长，有利于细菌的滋生和繁殖，增加上行感染的风险。血行感染： 身体其他部位的感染病灶中的细菌可通过血液循环到达肾脏和尿路引起感染。例如，皮肤感染、疖肿、扁桃体炎等病灶里的细菌，可随着血流到达泌尿系统。不过，血行感染相对较少见，约占尿路感染的3%左右。淋巴道感染： 盆腔和下腹部的淋巴管与肾周围的淋巴管有交通支，当盆腔器官炎症、阑尾炎和结肠炎时，细菌可从淋巴道感染泌尿系统。但这种情况比较罕见。
自身防御功能减弱
局部黏膜损伤： 男性如果有尿道器械检查，如导尿、膀胱镜检查等，可能会损伤尿道黏膜，使细菌容易侵入引发感染。据统计，约有1% - 3%的人在进行尿道器械检查后会发生尿路感染。机体免疫力低下： 患有糖尿病、艾滋病等疾病的男性，或者长期使用免疫抑制剂的人群，机体免疫力下降，容易受到细菌侵袭引发尿路感染。例如，糖尿病患者由于血糖高，有利于细菌生长繁殖，同时机体的防御功能减弱，更容易发生尿路感染。前列腺问题： 患有前列腺炎的男性，前列腺液分泌异常，会影响尿道内环境，为细菌的生长提供了条件，增加了尿路感染的发生几率。尤其是慢性前列腺炎患者，长期受到炎症刺激，泌尿系统的防御能力降低。
其他因素影响
性生活因素： 性生活时容易将细菌带入尿道，尤其是不注意性生活卫生时。比如，女性的阴道内有一些细菌，性生活过程中可能会将这些细菌传播给男性，引发尿路感染。据研究，性生活后男性尿路感染的发生率会有所增加。解剖结构因素： 男性尿道较长，一般约18 - 20厘米，但如果存在尿道畸形，如尿道狭窄、尿道憩室等，会导致尿液引流不畅，细菌容易在局部滋生，引发尿路感染。例如，先天性尿道狭窄的男性，尿液排出受阻，尿液中的细菌难以被冲刷排出，就容易反复发生尿路感染。