孕三月小腹隐隐作痛可能与以下因素有关，要及时对症处理。
一、先兆流产：孕期若未做好身体调理，如经常剧烈运动或过度劳累，可能引发先兆流产，从而出现小腹隐隐作痛。此时需要多加休息，做好保胎工作，避免影响胎儿生长发育。
二、妇科疾病：孕妇怀孕过程中若不注重个人卫生，患妇科疾病后也可能有小腹隐隐作痛的情况。比如患阴道炎、宫颈炎等疾病可能出现这种反应。需根据病情严重程度处理，病情较轻一般可不特殊治疗，但病情严重时建议及时医治。如阴道炎可使用甲硝唑、克霉唑等药物治疗。
三、饮食不当：常吃辛辣刺激性食物或不洁净食物，导致肠道感染后会有小腹隐隐作痛症状。平时要注意饮食，保持清淡。
总之，怀孕期间要多注意休息，保持良好心态，同时还需定期进行各项检查。