导致男性下腹部两侧隐隐作痛的原因包括：
一、胃肠炎：患者主要表现为腹痛，且常伴有恶心、呕吐、腹泻等症状。这通常是由于饮食不洁或腹部受凉等因素引起，胃肠道出现炎症反应，从而导致疼痛等一系列不适。
二、急慢性结肠炎：其可能与腹部着凉、饮食不卫生有很大关系。会致使患者下腹部两侧疼痛，同时伴有腹泻症状，严重情况下甚至可能伴有便血等表现。
三、慢性前列腺炎：患者可出现会阴部、下腹部以及小腹两侧隐痛不适，此外还可能有尿频、尿急、尿痛以及排尿时尿路不适感等情况。
四、双侧精索静脉曲张：一般左侧发病较为常见，少数为双侧发病。患者主要表现为阴囊坠胀感，严重时可出现阴囊胀痛，以及牵扯双侧小腹隐痛不适。
五、输尿管下段结石：多见于较小的、未引起急性梗阻的输尿管下段结石，结石刺激会引起两侧小腹隐隐作痛，患者多有既往肾结石病史。
六、双侧腹股沟疝：特别是难复性斜疝，患者会表现为双侧小腹部隐痛不适，可能有疝内容物进入阴囊的情况。
建议患者一旦出现这种症状，应及时到医院就诊检查，以便根据具体情况明确诊断，并在医生指导下进行针对性治疗。