女性小肚子下部正中间疼的原因可能有以下几种：
1.痛经：
原发性痛经：青春期多见，常在初潮后1~2年内发病。疼痛多自月经来潮后开始，最早出现在经前12小时，以行经第1日疼痛最剧烈，持续2~3日后缓解。可伴有恶心、呕吐、腹泻、头晕、乏力等症状，严重时面色发白、出冷汗。
继发性痛经：多发生于生育后及中年妇女，因盆腔器质性疾病引起。疼痛多于月经前数天开始，经期第1天最为剧烈，持续至经后逐渐消退，但随月经周期而呈进行性加重。
2.排卵性腹痛：
青春期女孩在排卵时，卵泡破裂，卵泡液对腹膜可能有一定的刺激作用，所以她们有时会出现左右交替的、每月一次的轻微腹痛。这属于生理性的，表现多为一侧性下腹隐痛、钝痛或坠胀样疼痛，部分少女同时伴有少许阴道出血，即排卵期出血，多在一两天后自行消失，一般不超过七天。
已婚妇女则多由于卵巢黄体破裂所致。卵巢黄体破裂绝大部分发生在月经周期的第20~26天，发病时可出现下腹部疼痛，轻重不一。卵巢黄体破裂的原因可能是黄体囊肿破裂，也可能是黄体本身自发破裂，与性生活动作幅度过大、过猛有关。
3.卵巢子宫内膜异位症：
子宫内膜异位症是子宫内膜组织生长于子宫腔以外，如子宫肌层、卵巢或盆腔内其他部位。同样有月经周期改变和疼痛的特点，痛经是其主要症状之一。
4.子宫黏膜下肌瘤：
子宫肌瘤是女性生殖器官中最常见的良性肿瘤，多发生于35~50岁的妇女。当肌瘤较大时，可刺激子宫收缩，引起痛经。
5.慢性盆腔炎：
主要表现为下腹部坠胀、疼痛及腰骶部酸痛，常在劳累、性交后及月经前后加剧。
6.急性盆腔炎：
主要表现为下腹疼痛、发热、阴道分泌物增多，腹痛为持续性，活动或性交后加重。
7.其他：
子宫内膜息肉、子宫腺肌病、宫颈癌、子宫内膜癌等也可能导致小肚子下部正中间疼。
如果女性出现小肚子下部正中间疼的情况，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性的治疗。