月经结束后阴道有褐色分泌物，可能的原因包括正常现象、内分泌失调、黄体功能不全等。具体如下：
一、正常现象：若月经期子宫内膜脱落形成的血块未顺利排出体外，在体内留存时间较长致颜色变深，于月经结束后排出，就可能出现这种情况。这通常无需特殊处理，是正常现象。建议平时做好腹部保暖，适当饮用温开水。
二、内分泌失调：患者常熬夜、暴饮暴食、多次流产等易致激素紊乱，引起内分泌失调，可出现月经推迟、分泌物异常等表现。月经结束后阴道有褐色分泌物可能由此导致。患者可在医生指导下使用乌鸡白凤丸、金鸡胶囊等药物调理。
三、黄体功能不全：患者黄体功能不全使孕激素分泌不足，易造成排卵性功能出血，从而导致月经结束后有褐色分泌物。患者可在医生指导下使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片、枸橼酸氯米芬胶囊等药物进行治疗。
总之，当月经结束后出现褐色分泌物时，需根据具体情况判断原因，并采取相应的治疗措施。